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以下是哈尔滨工业大学各学院2013年硕士研究生招生专业目录：
| 航天学院 | 能源科学与工程学院 | 计算机科学与技术学院 | 电气工程及自动化学院 |
| 理学院 | 机电工程学院 | 材料科学与工程学院 | 经济与管理学院 |
| 人文学院 | 外国语学院 | 土木工程学院 | 市政环境工程学院 |
| 建筑学院 | 交通科学与工程学院 | 生命科学与技术学院 | 化工学院 |
| 法学院 | 食品科学与工程学院 | 高教研究所 | 体育部 |
| 电子与信息工程 | 软件学院 |
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